Со дня открытия онкологического диспансера операционный блок был представлен двумя операционными с двумя хирургическими столами. В связи с увеличением объема оперативных вмешательств, в 2003г. произведена реконструкция операционного блока. В настоящее время функционируют три операционных на четыре хирургических стола с современным осветительным оборудованием. Операционный блок оснащен аппаратурой для проведения эндоскопических операций на органах брюшной, грудной полости, а также современным урологическим и эндоскопическим оборудованием. Подведена централизованная подача кислорода и аварийная система освещения. Производится интраоперационно срочное цитологическое и гистологическое исследование. Ежегодно проводится более 1500 различных оперативных вмешательств на органах грудной полости, брюшной полости, голове, шее, верхних и нижних конечностях, на органах мочеполовой системы. Внедрены малоинвазивные оперативные вмешательства и операции на сосудах. Работу операционного блока обеспечивают – старшая м/с Алиева Р., м/сестры Сулейманова А., Гасанова Г. все они имеют высшую категорию, а также м/с Сулейманова А. и Шапиева С.